La seconde guerre mondialeLe dernier épisode tragique pour le Château et la ville d’Amboise a lieu pendant la Seconde Guerre mondiale. Dès le 4 septembre 1939, le château est réquisitionné. L’accès des touristes à la chapelle et au chemin de ronde de la Tour Heurtault est maintenu jusqu’au 22 mai 1940.
En juin 1940, l’armée française en pleine débâcle se replie progressivement au sud de la Loire. Du 4 au 15 juin 1940, le logis royal du château est ainsi le siège éphémère du Ministère de l’Air qui poursuit ensuite son repli sur Bordeaux.
Les 18 et 19 juin 1940, un régiment de tirailleurs sénégalais résiste avec une remarquable bravoure à l’entrée des troupes allemandes à Amboise. Les dégâts matériels sont importants (une centaine d’obus tombent sur le château) et touchent la Chapelle, la tour Garçonnet et celle des Minimes. Après son évacuation, le château souffre pendant 15 jours de l’afflux incontrôlé de réfugiés et de troupes allemandes. Puis il est utilisé par les troupes d’occupation comme entrepôt d’armes et de poste de communication et détection aérienne.
En juillet 1944, il subit un bombardement allié qui endommage les façades du logis, les vitraux et toiture de la chapelle Saint-Hubert. Le 1er août 1944, le château est déserté par les dernières unités de l’armée allemande.
L’inventaire des dégâts est réalisé quelques jours plus tard. L’Etat apporte son concours à la campagne de restauration engagée à partir de 1952.
La Société civile du domaine de Dreux est transformée en 1974 en Fondation Saint-Louis à la faveur de l’évolution de la législation sur la gestion de biens culturels. La Fondation propriétaire des lieux lance un important programme de restauration et de mise en valeur du monument.