Outre la présence d’espèces exotiques provenant des 4 coins du monde, cette extraordinaire biodiversité s’explique par la présence d’une grande diversité de milieux mais également par le fait que le fleuve est à la croisée de plusieurs domaines biogéographiques : atlantique, méditerranéen et continental.
Dans les boires ou les bras morts, on rencontrera des espèces tantôt aquatiques ou tantôt amphibies telles que les potamots (Potamogeton natans…), le butome en ombelle (Butomus umbellatus) ou les massettes (Typha angustifolia et T. latifolia).
Sur les vases humides exondées l’été, on observera des plantes peu élevées ou prostrées dont les éléments les plus remarquables sont le souchet de Micheli (Cyperus michelianus), le souchet brun (Cyperus fuscus) ou la limoselle (Limosella aquatica).
Sur les sables grossiers des grèves, des végétations très clairsemées à chénopodes (Chenopodium rubrum, Ch. ambrosoides, Ch. glaucum, Ch. botrys…) se développent.
Dans les prairies, parmi les espèces les plus emblématiques, on notera la présence de la fritillaire pintade (Fritillaria meleagris) ou de l’orchis à fleurs lâches (Orchis laxiflora), joyaux printanniers maculant de grenat les prairies.
Enfin, les boisements alluviaux, les ripisylves, sont dominés par la présence de frênes : le frêne élevé (Fraxinus excelsior) et le frêne à feuilles étroites (F. angustifolia).
Sources : Mission Val de Loire :« Flore et végétation de la vallée de la Loire » (1982), Robert Corillion